Если был дан отказ уполномоченным органом в совершении какого-либо значимого юридического действия, то возврат средств за уплату государственной пошлины не производится.

В частности, при отказе в регистрации ООО госпошлину в размере 4000 рублей за регистрацию юридического лица налоговый орган Вам не вернёт.

Подобные разъяснения представил Минфин в письме № 03-05-06-03/114 от 13.10.2010